Im Jahre 1781 war Mozart im Gefolge des Erzbischofs von Salzburg in Wien und nutzte die Gelegenheit, nicht mehr in das ungeliebte Salzburg zurückzukehren. Seine Übersiedlung nach Wien war auch die längst überfällige und nicht unproblematische Ablösung vom Vater Leopold Mozart. Sie dokumentierte sich nicht zuletzt in der Heirat mit Constanze Weber, die gegen den Willen des Vaters stattfand. Zwei Jahre nach dieser „Flucht“ besuchten Mozart und seine Frau den darob verbitterten Vater erstmals in Salzburg in der – vergeblichen – Hoffnung, ihn zu versöhnen. Auf der Rückreise nach Wien traf er am 30. Oktober 1783 in Linz ein, wo der Plan für ein Konzert gefaßt wurde. „Den 4. November“ schreibt Mozart“ werde ich hier im Theater Akademie geben. Und weil ich keine einzige Symphonie bei mir habe, so schreibe ich Hals über Kopf an einer neuen, welche bis dahin fertig sein muß“. So entstand binnen 4 Tagen die „Linzer Symphonie“.
Das Werk zeugt in vieler Hinsicht von der Auseinandersetzung Mozarts mit der Musik Joseph Haydns. Besonders deutlich wird dies in der langsamen Einleitung des ersten Satzes. Es gilt aber auch für die scharfen dynamischen Akzente und den ständigen Ausdruckswechsel, der das Markenzeichen der nicht zuletzt von Haydn geprägten Wiener Klassik ist. Allerdings scheint hinter der Fassade glänzender Festlichkeit, die welche die Symphonie hervorkehrt, immer wieder jene seltsame Schwermut durch, welche Mozarts persönliche Handschrift zeigt.
Wie groß die gegenseitige Befruchtung Mozarts und Haydns war, zeigt nicht zuletzt das Quartettschaffen der beiden großen musikalischen Zeitgenossen. Mozart schrieb in der Zeit, in der die Linzer Symphonie entstand, auch die sog. Haydn Quartette, die wiederum starken Einfluß auf Haydns Quartette hatten. Als Vater Mozart im Februar 1785 bei seinem Sohn den Gegenbesuch in Wien machte, lud Mozart Haydn für den Tag nach der Ankunft seines Vaters zum gemeinsamen Quartettspiel ein. Nach dem Spiel von 3 neuen “ Haydn“- Quartetten sagte Haydn zu Leopold Mozart die berühmt gewordenen Worte: „Ich sage ihnen vor Gott als ein ehrlicher Mann, Ihr Sohn ist der größte Komponist, den ich von Person und dem Namen nach kenne; er hat Geschmack und überdies die größte Kompositionswissenschaft“. Vater Mozart dürfte mit seinem Sohn wenigstens insofern zufrieden gewesen sein.